La démarche Qualité de l'UEFP applique la politique Qualité d'INRAE qui a pour objectifs d'assurer la traçabilité des activités, d'améliorer et de démontrer la fiabilité des résultats et de garantir la qualité des équipements (métrologie), des méthodes et des données. Pour celles-ci, la politique Qualité s'attache également à garantir leur pérennité et celle de leurs traitements. Cette ligne directrice s'articule avec la Politique Science Ouverte.

L'UEFP s'attache tout particulièrement à la qualité des données et des métadonnées associées. Le matériel utilisé est vérifié et les méthodes standardisées. Elle est porteuse de Systèmes d'Information permettant leurs traçabilités et leurs sauvegardes. Elle a rédigé son plan de gestion des données et possède un DOI. Sa labellisation en tant qu'Infrastructure Scientifique Collective est une reconnaissance du travail fait autour de la donnée. 

Les fonctions Production et Conservation de matériels végétales sont certifiées ISO 9001 dans le cadre du Centre de Ressources Biologiques Forestières (Pilier Forêt) de l'Infrastructure de Recherche RARe.